Sus objetivos se centran en en investigaciones de I+D agrario dentro de los ámbitos de la biodiversidad, mejora genética, producción vegetal, sanidad vegetal, recursos hídricos y otros que puedan surgir en el futuro. La labor investigadora a realizar debe suponer un esfuerzo de caracter multidisciplinario abarcando un amplio espectro, desde tareas de investigación básica de laboratorio a proyectos de naturaleza aplicada. La voluntad de los grupos investigadores aglutinados en el CIALE es profundizar en el conocimiento de la agrobiotecnología y explorar sus aplicaciones para conseguir una agricultura moderna, sostenible y de alto rendimiento. En consecuencia, la agricultura no puede constituir una actividad productiva desligada del entorno sino que debe enmarcarse en el conocimiento y manejo prudente de organismos y recursos abióticos.

Constituyen también finalidades específicas del CIALE el perfeccionamiento de técnicas y conocimientos agrobiológicos de los estudiantes universitarios postgraduados, la formación de personal técnico especializado, así como el desarrollo de cursos, seminarios y cualquier otra actividad que contribuya a un mejor conocimiento de los aspectos agrícolas implicados en el desarrollo socioeconómico de Castilla y León, ya que el sector agroalimentario es la principal actividad económica de nuestra Comunidad.