El edificio del CIALE está formado por dos módulos comunicados por un corredor interno. El primero está destinado a tareas administrativas y docentes mientras que el segundo alberga 8 laboratorios de investigación y distintas salas de apoyo a la misma. Una característica distintiva del módulo de investigación es su cubierta vegetal que reduce el impacto visual sobre el entorno y lo convierte en un edificio sostenible que compensa las emisiones de CO2. El CIALE forma parte del Campus Internacional de Excelencia de la Universidad de Salamanca y su edificio reúne las características de equipamiento e infraestructuras necesarias para abordar proyectos de investigación agrobiotecnológica.
En el recinto del CIALE se localiza el Invernadero, gestionado por el Parque Científico de la Universidad de Salamanca, que consta de 8 módulos independientes para investigación en ambiente controlado y que reúne condiciones para trabajar con Organismos Modificados Genéticamente. También en el recinto del CIALE existe un edificio anexo en el que se localiza la Bioincubadora de empresas de la Universidad de Salamanca.
En el módulo destinado a tareas administrativas y docentes se ubican los despachos de dirección y de administración, una sala de juntas y una zona de despachos. También hay un salón de actos, con retroproyector y capacidad para 100 personas, donde se imparten conferencias, jornadas de transferencia de tecnología y los seminarios científicos del CIALE y del Máster en Agrobiotecnología, dos salas docentes, una de ellas con proyector, pizarra digital y capacidad para 30 personas, y una biblioteca/hemeroteca con 30 puestos de lectura y una fotocopiadora.
El módulo de investigación tiene 8 laboratorios, varias salas con equipos de investigación de uso común y un puesto de información. Cada laboratorio cuenta con dos despachos y 100 metros cuadrados de espacio de investigación y está equipado con una o dos campanas de flujo laminar, una cabina de ácidos/bases y una cabina para solventes orgánicos, 4 mesas de laboratorio con 4 puestos de trabajo experimental cada una y 8-9 puestos destinados a lectura y trabajo de escritorio. Cuenta, además, con extintor, botiquín y demás elementos de seguridad.
Como servicios comunes, el módulo de investigación dispone de un almacén y de una sala de preparación de medios con un sistema de agua ultrapura centralizado, distintos equipos de lavado y esterilización de material, dos modernos autoclaves de pared, un autoclave de suelo, un pequeño autoclave de mesa, una campana de flujo laminar, un pHmetro, un baño termostatizado, horno microondas, balanzas de precisión, máquina de hielo y distintas estanterías y armarios. El módulo cuenta, además, con 4 cámaras frías, dos salas refrigeradas, donde se localizan ultracongeladores y congeladores, dos salas de centrífugas, en una de las cuales se localizan las ultracentrífugas y supercentrífugas, y en la otra, refrigerada, las centrífugas de mesa, termomezcladores, diversos equipos de speed-vac y varias cámaras de germinación de plantas.
El módulo de investigación cuenta también con dos salas de microscopía. En la primera se localizan el microscopio confocal y un equipo de videomicroscopía. En la segunda se encuentran distintos microscopios ópticos, un estereomicroscopio y un microscopio de fluorescencia. Cuenta también con una sala de cromatografía con un liofilizador, un espectrofotómetro, un fluorímetro y un sistema de cromatografía, y con tres salas destinadas a cultivo: en la primera se localizan estufas de cultivo, en la segunda incubadores orbitales y en la tercera cuatro cámaras de germinación de plantas. Se dispone, además, de una sala de genómica con dos equipos de PCR cuantitativa y varios termocicladores y de dos salas oscuras donde se localizan los equipos de electroforesis horizontal, un transiluminador y un equipo de documentación de imágenes, y un equipo de quimioluminiscencia, un crosslinker y un nanodrop. Existe una sala P3 de seguridad, construida con paneles sin esquinas, con sistema diferencial de presión, cabinas de flujo laminar, sistema de desinfección de residuos líquidos y sistema de desinfección de residuos sólidos (autoclave y túnel de irradiación UV).
En las instalaciones del módulo de investigación se encuentra, además, un Banco de Germoplasma equipado con cámaras de germinación, ultracongeladores, frigoríficos, baño termostatizado, tamizador, molino criogénico, estufas de esterilización y ventilación, medidor de clorofila, medidor de evapotransporación, liofilizador y termociclador. Anexo al edificio se encuentra un tanque de nitrógeno líquido.
El CIALE cuenta con una serie de dispositivos experimentales de campo, de carácter permanente, con los cuales desarrolla la investigación relacionada con el estudio de procesos hidrológicos de interés agrícola. Concretamente, el CIALE cuenta con la Red de Estaciones de Medición de la Humedad del Suelo de la Universidad de Salamanca (REMEDHUS), formada por 23 estaciones automáticas y situadas en la comarca agrícola de La Guareña (Prov. Zamora), e integrada en la International Soil Moisture Network (ISMN) desde su creación.